Pada 7 Julai 2012, Vatikan melantik Msgr Sebastian Francis sebagai Uskup ke-5 Pulau Pinang.[2] Beliau menggantikan Uskup Emeritus Antony Selvanayagam, yang meletak jawatan.

Pentahbisan Episkopal Uskup Sebastian Francis telah diadakan pada 20 Ogos 2012 di Gereja St. Anne di Bukit Mertajam, Pulau Pinang. Pentahbis utamanya ialah Uskup Agung Kuala Lumpur, Uskup Agung Emeritus Murphy Pakiam. Pentahbis bersamanya ialah Uskup Emeritus Antony Selvanayagam, pendahulu beliau dan Uskup Paul Tan Chee Ing dari Keuskupan Melaka-Johor. Upacara itu dihadiri oleh 10,000 penganut Katolik dan dihadiri oleh Ketua Menteri Pulau Pinang, Lim Guan Eng.[3]

Moto beliau ialah "Fiat Voluntas Tua" ("Thy Will be Done" dalam bahasa Inggeris).[4]